Ein Wandererpaar entdeckt in einer Höhle in einem Nationalpark zwei Skelette. Die Gruppe um Bones und Booth formiert sich neu, mit einer Neuankömmling: Hannah, die Freundin von Booth. Sie haben sich in Afghanistan kennengelernt und diese wurde nach Washington versetzt, um bei ihm zu sein.
Bones – Die Knochenjägerin handelt von der forensischen Anthropologin Temperance Brennan (gespielt von Emily Deschanel) und ihren Kollegen am Jeffersonian Institute in Washington, die zusammen mit dem FBI bei der Aufklärung von Verbrechen helfen.
Im Mittelpunkt der Serie steht die forensische Anthropologin Dr. Temperance Brennan, deren Spitzname Bones ist. Brennan wird als herausragende, aber etwas weltfremde Wissenschaftlerin porträtiert: Während sie in ihrem komplizierten Fachgebiet eine absolute Koryphäe ist, zeigt sie große Schwierigkeiten, Mitmenschen gegenüber den richtigen Ton zu treffen. Anspielungen auf die Pop- und Alltagskultur kommentiert sie oft mit den Worten: „Ich weiß nicht, was das bedeutet.“
Brennans Arbeit besteht darin, am (fiktiven) staatlichen Jeffersonian Institute in Washington die skelettierten Überreste von Opfern des Ersten Weltkrieges und anderer Kriege zu identifizieren. Sie und ihr Team werden dabei immer wieder zur Mithilfe bei der Aufklärung von Verbrechen hinzugezogen, die vom FBI untersucht werden. Als ihr männliches Gegenstück fungiert der Ermittler Seeley Booth.
Das in der Serie erscheinende „Jeffersonian“ ist fiktiv und eine Anspielung auf die reale Smithsonian Institution, eine der renommiertesten Forschungseinrichtungen der USA.
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